鸦片战争后，自成体系的洋学堂逐步进入中国。1877年，西方传教士大批进入四川，在传教布道的同时开设医院、兴办学校。清光绪末年，基督教各差会已在四川开办有数十所小学，以及求精、华英、广益、华美四所中学。1904年，英国、美国和加拿大的基督教差会筹划在成都开办一所全新的大学。

在华西协合大学向中国政府立案后，办学宗旨的修改、管理体系的转变，教学制度的完善，办学规模的扩大，办学条件的发展，尤其是文学、理学和医学院的建立，使华西协合大学进入一个新的发展时期。

抗日战争爆发后，同国立四川大学一样，地处祖国大后方西南的华西协合大学在特殊环境和条件下得到了较大发展。齐鲁大学、金陵大学、金陵女子文理学院、中央大学、燕京大学等大学，先后迁来华西协合大学，借用校园、校舍、实验室、教学医院和图书设备等条件联合办学。“华大、中大、齐大三大学联合医院”建立，共有病床380张，由中央大学医学院院长戚寿南任总院长。华西坝一时学者教授云集而呈“五大学”盛况，成为抗战大后方教育文化中心之一。

1949年成都和平解放，华西协合大学获得了新生，经历了华西大学、四川医学院和华西医科大学三个发展时期，华西医科大学坚持“严谨、勤奋、团结、奉献”的校训，成为一所在口腔医学、生物医学、基础医学和临床医学等方面都具有雄厚实力的卫生部直属重点医科大学。